Materiale til Bryggens historie finnes i en lang rekke arkiver, for detaljer, se Lister og referanser nedenfor.
Fra handelsvirksomheten finnes arkiver etter en del nordlandshandlere (se nordfarkladder, nordfaruttrekk). Organisasjon, dagligliv og eiendommer fra denne tiden finnes i arkivene etter Kontoret, de ulike eiendommene på Bryggen, samt Gesellauget. Fra senere næringsvirksomhet finnes arkiv etter C.Dahm, maskinforretning.
Fra tiden rundt 1900 finnes en større pakke med korrespondanse mellom Magistraten og eierne om riving. Det finnes materiale etter Koren Wiberg vedr. utgravninger på den daværende rivningstomten, spesielt fra Kjøpmannsstuen.
De nye Bryggegårdene ble tegnet av Jens M. Zetlitz Kielland. Hans arkiv er dessverre gått tapt, men tegninger og annet materiale som ble sendt inn til byggesaksbehandling finnes i Byggesaksavdelingens arkiv. Senere er bryggegårdenene blitt oppmålt av flere. Slike oppmålingstegninger finnes i arkivene etter Fortidsminnesforening i Bergen, Bergen Arkitektforening, arkitekt Frederik Konow Lund m.fl. Fotograf Øyvind Hartvig Bergers fotoregistrering av Bergen rundt 1980 har mange bryggebilder.
Under krigen var Bryggen senter for Theta-gruppen, som drev etterretningsarbeid. Litt dokumentasjon fra dette arbeidet finnes i Motstandsarkivet. Bryggen ble kraftig skadet under eksplosjonsulykken 20. april 1944. En god fotodokumentasjon ble gjort av fotograf Th. Høiland. Oversikter over skadene finnes hos Pengebidragsfordelingen etter eksplosjonsulykken. Brannene i 1955 og 58 er dokumentert gjennom brannrapporter i Bergen Brannvesens arkiv.
Reguleringsplaner fra både før og etter krigen finnes i Reguleringsvesenets arkiv. Tegninger og annen dokumentasjon til det "nye" Bryggen, inkl. SAS-hotellet og Bryggens Museum finnes i arkivet etter arkitektene Maurseth & Halleraker (I dag Link Arkitekter AS).
Arbeidet med å bringe Bryggen frem som fortidsminne finnes i arkivene etter Stiftelsen Bryggen (som kun er delvis avlevert hit), Bryggens Venner (som ikke er avlevert) og Kommunalavdeling Fritid og Kultur, div avdelinger.